地質調査所では、第一回国際極年観測期間中にナウマンの指示で全国の地磁気測量を行い、その観測結果を基に、ナウマンがフォッサマグナと地磁気分布とが密接に関係すると主張していた。ノットと田中舘は、ナウマンらの観測結果に疑問を抱き、全国の地磁気再測量を行ったのであった。

ノットと長岡半太郎とが東北日本と北海道の50ヶ所でキュー型携帯用磁力計とキュー型伏角計を用いて、田中舘愛橘が、南西日本と朝鮮半島の31ヶ所で、田中舘式電磁方位計とキュー型伏角計を用いて観測を行った。

ノットと田中舘によれば、フォッサマグナ付近に地磁気の異常な変化は認められなかったという。