水路部による第１回の磁気測量は明治45年(1912)4月から大正2年(1913)5月にかけて行われた。

この第１回目の測量では、田中館式磁気儀とカセラ製またはドーバー製のディップサークルを使用し、本州（112地点）、四国（16地点）、九州（34地点）、北海道（39地点）、樺太（19地点）、朝鮮半島（78地点）、沖縄（10地点）、台湾（16地点）、小笠原（7地点）の合計331地点で測量を行った。

観測データは、最終的には、大正2年(1913)1月1日における4組の測器の平均値を基準値とするように、換算処理が施された。

水路部では、以後10年おきに磁気測量を実施することになり、第２回目の磁気測量は大正11年(1922)から大正12年(1923)にかけて、第３回目の磁気測量は第二回国際極年観測期間と偶然重なって昭和7年(1932)から昭和8年(1933)にかけて、第４回目の磁気測量は昭和17年(1942)から昭和19年(1944)にかけて行われ、戦後は5年おきに測量が行われている。