学会創設の気運が高まり、準備委員が選ばれて東大の永田武研究室に集まり、学会の名称、総会の日程と議案などを決めていった。それによると、学会の名称は「日本地球電気磁気学会」、総会の日程は昭和22年(1947)5月12日、場所は東京大学、総会に続いて講演会を5月14日まで開催することなどを決めた。

昭和22年(1947)5月12日、東京大学医学部講堂で学会設立総会が挙行され、委員長には長谷川万吉（京大理）が選出された。

総会に続く講演会では合計34篇の講演発表があり、出席者約100名により、3日間にわたって活発な討論がなされた。