明治26年(1893)には本州中部で地点を絞って、火山および地磁気異常を伴う断層地域の測量をすることになり、富士山および浅間山の近傍と、フォッサマグナに沿った地域での磁気測量を行った。

明治27年(1894)には、北海道での磁気測量、明治28年(1895)には本州北部、明治29年(1896)には西日本、四国、九州を測量した。

測量の際、水平分力はガウスの方法により、偏角は田中舘式電磁方位計で、伏角はイギリス海軍式伏角計を用いて測定がなされた。

この全国地磁気測量の結果は、明治37年(1904)になって、英文530頁、図版87、磁気地図9枚にもなる大冊となって発表された。