市電網は年々拡張され、東京市電気局が中央気象台から至近距離を通る一つ橋通り線を明治45年(1912)に開設することを決定したのを機に、気象台はついに地磁気観測施設の移転を余儀なくされた。

中央気象台では、将来も電車が通りそうになく、しかも磁気異常がない場所として、茨城県柿岡（現茨城県新治郡八郷町柿岡）を移転先に決定した。

そして、柿岡地磁気観測所では、大正2年(1913)1月1日より地磁気観測を開始した。同所では、エッシェンハーゲン型変化計による連続記録、ならびに、ヴィルト−エーデルマン式磁気儀とアースインダクターとによる月1回の絶対観測を行った。

月1回の絶対観測の際には、東京から技師が出張して観測を行い、帰りには1ヶ月分の地磁気変化記録を東京に持ち帰っていたという。